Desde 2009 el Museo Nacional de Historia Natural ha desarrollado exposiciones temporales que ponen en valor colecciones de las distintas áreas del Museo.
- 2009-2010: Panubis, del antiguo Egipto a la Eternidad
- 2011-2012: Grandes Extinciones
- Primer Semestre 2013: Cuando Santiago era Mapocho
- Segundo semestre 2013: Gonfoterios, del imaginario a la ciencia
- Primer semestre 2014: El pequeño mundo de las plantas briófitas
- Segundo Semestre 2014: Margot Loyola: un poco campesina, un poco maestra, un poco cantora
- Primer semestre 2015: Hongos, un reino por descubrir.
- Primer semestre 2016: Cetáceos, de la tierra al mar.
- Segundo semestre 2016: Lagartijas y coleópteros: reflejos del cambio.
- Primer semestre 2017: Dinosaurios: más allá de la extinción.
- Primer semestre 2018: Chinchorro: trascender a la muerte.
- Primer semestre 2019: Humedales: refugios de la vida en peligro.
- 2021: ¿Pepinos de mar? Sí, pepinos de mar.
- 2022: Taxidermia: arte, ciencia, paciencia
- 2022: Opiliones de Chile: ni arañas ni cangrejos
- 2023: El viaje de Guan Gong
- 2023: Mucho más que monos, primates en el MNHN
- 2024: Dinosaurios del sur del mundo
- 2025: Mariposas y polillas, colores en movimiento.
